No acordo de empréstimo ficou definido que caso não houvesse interesse do São Paulo em renovar o vínculo, o Botafogo assinaria por dois anos com o jogador. A maior possibilidade, porém, é de que o clube carioca faça um acordo com Diego Souza para que ele não permaneça.
Durante o período de empréstimo – de março até dezembro –, o Botafogo arcou com o salário integral de Diego Souza. Os valores não foram revelados, mas é um dos maiores do elenco alvinegro.
Pelo Botafogo, o atacante fez 37 jogos e marcou oito gols. As atuações ruins fizeram o jogador ser contestado por parte da torcida e ele perdeu a condição de titular nas últimas partidas.
No acordo também ficou definida uma prioridade ao São Paulo por Luiz Fernando: se outro clube tentar contratar o meia-atacante até o fim do vínculo do jogador com o Botafogo (dezembro de 2021), o Tricolor tem de ser comunicado e terá a possibilidade de cobrir a oferta.
Luiz Fernando, no entanto, teve um ano para ser esquecido com a camisa do Botafogo. Se em 2018 ele foi um dos destaques ao disputar 54 jogos e marcar sete gols, em 2019 foram 49 partidas e apenas três gols.
Na derrota para o Flamengo, por 1 a 0, na 31ª rodada do Campeonato Brasileiro, a expulsão de Luiz Fernando foi determinante para o resultado. O vermelho foi o estopim para a torcida perder a paciência com o jogador.
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